Ну это зависит от вида недостатка.
Вообще есть три пути:
1. Отказаться от авто и забрать деньги. Здесь возможны нюансы. Если салон перед Вами "чист" и выполнил все свои обязательства и вовремя, а вам просто "разонравилась" машина - возможно придётся платить неустойку салону по договору купли-продажи (ДКП). Если дефект налицо, можно забрать все деньги, т.к. поставлен некачественный товар и Вы можете это показать/доказать.
2. Перебронировать на другую машину такой или другой комплектации. Здесь опять может быть как с потерей в деньгах, так и без потерь, но если есть очередь - потеря времени будет однозначно.
3. Договориться с салоном об устранении недостатков. При этом либо салон предоставляет скидку в стоимости авто (очень редко), либо платит проценты за просрочку с поставкой на время ремонта по ДКП (тоже редко, но бывает), либо возмещает Вам просрочку и моральный ущерб в виде скидок на- или совсем бесплатных допов и услуг по их установке на Ваш авто (наиболее частый случай).

По какому пути пойти тоже зависит от многих причин.
Прежде всего надо понимать, что до тех пор пока Вы не подписали Акт приёма-передачи, эта машина НЕ ВАША, а потому требовать её починки Вы не можете. Любая задержка, в том числе и вследствие ремонта будет расцениваться как задержка поставки авто салоном.
С другой стороны, если Вы подписали Акт, а потом обнаружился дефект/недостаток по которому Вы не можете доказать что он возник до подписания Акта - скорее всего появление недостатка спишут на Вас и чинить придется за кровные рубли или по страховке КАСКО (если она есть). Надеюсь понятно почему? Потому что с момента подписания Акта - Вы владелец и полностью отвечаете за авто.

Ну и несколько слов по практическим ситуациям.
Если вся машина кривая и есть подозрение что она не новая или уже битая и восстановленная после аварии (если конечно покупатель профессионал и способен это определить) - лучше отказаться сразу и забрать деньги или перебронировать на другую ближайшую в аналогичной комплектации. Если у салона "рыльце в пушку" и он действительно пытался впарить Вам некачественный товар, сильно спорить или удерживать с вас какие-то деньги за это салон не будет. Не хочу никого пугать, но иногда (редко) бывает, что клиенту под видом новой продают уже б/у - полностью или частично (установлены некоторые б/у запчасти ) или восстановленную после аварии, например стукнули при перевозке, разгрузке автовоза и т.д. Впрочем, если повреждения были не значительные и Вы в этом уверены и доверяете салону или конкретному менеджеру - можно взять авто с компенсацией от салона в виде допов, их установки и т.д.
Если есть мелкий, но явный дефект, например глубокая царапина на ЛКП, локальная вмятина, треснутое стекло, зеркало, фонарь и т.д., Вы также можете отказаться от товара и забрать все деньги, можете перебронировать на другую машину или можете договориться (но не требовать!) о ремонте с компенсацией Вам задержки с поставкой.
Если чего-то не хватает (некомплект) и нужно ждать доставки недостающих частей, также можно отказаться, а можно и взять машину и пользоваться ею, а потом заехать за недостающими частями. Однако, в этом последнем случае обязательно перед подписанием Акта возьмите у салона письменный документ с круглой печатью и подписью (желательно директора салона или хотя бы директора отдела продаж), в котором салон извиняется перед Вами за доставленные неудобства и обязуется полностью укомплектовать авто не позднее такой-то даты. При этом также уместно договориться о скидках на допы, их установку, подарках и т.п.